연구 인력이 '겸직'이라는 이유로 반려된 기업부설연구소, 전담 요건 재해석과 직무 분리 입증으로 인증을 받다

인허가·이상욱, 김범수·2026-08-21

"인증 받으면 세액공제도 되고 정부 과제도 넣을 수 있다고 해서 준비했는데, 겸직이라는 한 마디에 다 막혀버렸어요. 뭘 어떻게 고쳐야 하는지조차 몰랐습니다." (의뢰인 박 대표, 50대, 금속부품 제조업)

의뢰인 상황

경기도 소재 금속부품 제조업체를 운영하는 박 대표는 창업 6년 차에 기업부설연구소 인증을 추진했습니다. 연구개발 활동을 체계화하면 법인세 세액공제와 정부 R&D 과제 신청 자격을 동시에 얻을 수 있다는 점을 알고, 자체적으로 신청 서류를 준비해 한국산업기술진흥협회(KOITA)에 제출했습니다. 그러나 심사 결과는 반려였습니다. 사유는 "연구전담요원으로 등록 신청한 인원이 생산관리 업무를 겸직하고 있어 전담 요건을 충족하지 못한다"는 것이었습니다. 직원 수가 18명에 불과한 소규모 공장에서 연구와 생산을 완전히 분리한다는 것이 현실적으로 가능한지, 박 대표로서는 막막하기만 했습니다.

상담 첫날 박 대표는 "심사 기관에서 보완 요청을 해준 것도 아니고 그냥 반려라고만 통보받았다"며 답답함을 토로했습니다. 자체 준비 과정에서 어느 서류가 문제가 됐는지, 어떤 기준으로 겸직이라고 판단됐는지도 파악하지 못한 상태였습니다. 인증이 늦어질수록 이미 구두로 검토 중인 정부 과제 공모 일정과도 엇갈릴 수 있어, 시간적 압박 또한 적지 않았습니다.

핵심 쟁점 진단

바움행정사사무소는 반려 통보 내용과 최초 제출 서류 전체를 검토한 뒤, 문제의 본질이 "연구원이 실제로 겸직인가 아닌가"가 아니라 "겸직처럼 보이게 만든 서류 구성"에 있다는 점을 파악했습니다. 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 및 관련 고시는 연구전담요원이 해당 연구소 업무에 '전담'해야 한다고 규정하고 있습니다. 그런데 최초 신청 시 제출된 조직도에는 해당 연구원 2명이 생산팀 소속으로 표기돼 있었고, 근로계약서상 직무란에도 '생산 및 연구개발'로 병기돼 있었습니다. 심사관 입장에서는 이 두 문서만 보고도 겸직으로 판단하기에 충분한 상황이었습니다.

실제로 두 연구원이 공장 현장에서 수행하는 업무를 구체적으로 파악해보니, 생산 라인 관리가 아닌 공정 개선 시험과 신소재 적용 테스트가 주된 활동이었습니다. 업무 일지, 시험 데이터 기록, 내부 보고서 등 실제 연구 행위를 뒷받침하는 자료는 이미 상당량 축적돼 있었으나, 이를 인증 심사에 적합한 형태로 정리·제출한 이력이 없었습니다. 따라서 쟁점은 사실관계를 바꾸는 것이 아니라, 이미 존재하는 연구 활동을 심사 기준에 맞게 가시화하고 조직 구조를 정합성 있게 정비하는 것이었습니다.

항목	최초 신청 시	재신청 시
조직도상 소속	생산팀 소속으로 표기	기업부설연구소 독립 조직으로 분리
근로계약서 직무란	"생산 및 연구개발" 병기	"연구개발 전담"으로 단일 기재
연구 활동 입증 자료	미제출	업무일지·시험기록·연구보고서 등 일체 제출
연구 공간	별도 구분 없이 공장 내 사무구역으로 표기	파티션으로 구획된 전용 공간 도면 및 사진 첨부

해결 과정

바움행정사사무소는 우선 박 대표 및 연구원 2명과 집중 인터뷰를 진행해 지난 2년간 수행한 연구 활동을 유형별로 목록화했습니다. 공정 개선 시험 14건, 신소재 적용 테스트 8건, 외부 시험성적서를 첨부한 품질 연구 보고서 6건 등이 확인됐습니다. 이 자료를 연구과제 단위로 재분류하고, 각 과제별로 수행 기간, 담당 연구원, 사용 장비, 결과 요약을 표준화된 양식에 정리했습니다. 이 과정에서 연구원들이 생산 라인 직원들과 업무 지시를 주고받은 이력이 일부 있었는데, 이는 '공정 개선 결과의 현장 적용'이라는 연구 후속 활동으로 맥락을 명확히 구분해 설명 자료를 작성했습니다.

조직 구조 측면에서는 법인 내부 규정을 정비해 기업부설연구소를 생산부서와 완전히 분리된 독립 조직으로 명문화하고, 조직도를 새로 작성했습니다. 근로계약서는 해당 연구원 2명의 직무란을 "연구개발 전담"으로 변경하고, 연구소장 직책을 신설해 지휘 체계도 명확히 했습니다. 연구 전용 공간은 기존에 칸막이가 있었으나 도면과 사진 자료가 없었기 때문에, 내부 설비 배치도와 현장 사진을 촬영·정리해 공간의 독립성을 시각적으로 입증했습니다. 최종 제출 서류는 심사관이 반려 사유 항목별로 비교 확인할 수 있도록, 사유별 대응 체크리스트를 커버 문서로 첨부해 가독성을 높였습니다.

결과

재신청 후 약 3주 만에 현장 실태조사가 진행됐고, 이후 추가 보완 요청 없이 기업부설연구소 인증이 완료됐습니다. 인증 취득 후 박 대표는 당해 연도 법인세 신고에서 연구·인력개발비 세액공제를 적용받았고, 이듬해 중소벤처기업부 R&D 과제에도 신청 자격을 갖추게 됐습니다. "연구원들이 이미 연구를 하고 있었는데 서류가 따라가지 못했던 것이었네요. 이제 제대로 된 연구소 체계를 갖춘 것 같아 직원들도 자부심을 갖는 것 같습니다"라고 소회를 전했습니다.

시사점 체크리스트

기업부설연구소 인증 반려의 상당수는 실제 연구 활동의 부재가 아니라, 서류와 조직 구조가 심사 기준에 맞게 정비되지 않은 데서 비롯됩니다.
연구전담요원의 '전담' 요건은 생산부서와의 물리적 단절을 의미하는 것이 아니라, 직무 구분과 조직 체계상 연구 전담임을 확인할 수 있어야 한다는 취지입니다.
근로계약서·조직도·내부 규정 세 가지가 일관된 방향을 가리켜야 심사관이 전담 여부를 명확히 판단할 수 있습니다.
축적된 연구 활동 기록(업무일지, 시험 데이터, 보고서 등)은 인증 신청 이전부터 체계적으로 정리해두는 것이 재반려 리스크를 크게 줄여줍니다.
반려 통보를 받은 경우, 사유별 대응 체크리스트를 커버 문서로 첨부하는 방식이 심사관과의 커뮤니케이션을 효율화하는 데 실질적으로 유효합니다.

자주 묻는 질문

Q. 직원이 적은 중소기업도 기업부설연구소를 설치할 수 있나요?

네, 가능합니다. 연구전담요원 최소 인원 요건은 기업 규모에 따라 달리 적용됩니다. 소기업의 경우 요건이 완화돼 있으므로, 현재 직원 수와 연구 인력 구성에 따라 충족 가능 여부를 먼저 확인하는 것이 중요합니다.

Q. 연구전담요원이 생산 관련 업무를 일부 하더라도 인증이 가능한가요?

연구 결과의 현장 적용이나 공정 개선 활동이 연구의 후속 단계로 명확히 구분된다면, 겸직으로 단정하기 어렵습니다. 다만 이를 서류와 직무 기술서로 명확히 설명하지 않으면 심사관이 겸직으로 판단할 수 있으므로, 직무 구분을 문서화하는 것이 핵심입니다.

Q. 반려 후 재신청까지 별도 대기 기간이 있나요?

법령상 정해진 재신청 제한 기간은 없습니다. 다만 반려 사유를 충분히 해소한 서류를 갖춘 뒤 재신청하는 것이 중요하며, 동일한 서류로 재신청할 경우 같은 사유로 재차 반려될 수 있습니다.

Q. 기업부설연구소와 연구개발전담부서는 어떻게 다른가요?

기업부설연구소는 전담 연구 인력과 독립 공간 요건이 모두 충족돼야 하는 높은 수준의 인정 유형이며, 연구개발전담부서는 그보다 요건이 완화된 형태입니다. 세액공제 등 혜택의 규모는 두 유형 모두 유사하게 적용되므로, 현재 기업 규모와 인력 구성에 맞는 유형을 선택하는 것이 현실적입니다.

Q. 인증 후에도 유지해야 할 의무가 있나요?

인증 후에도 연구전담요원의 자격 유지, 연구 활동 기록 관리, 공간 현황 유지 등 인정 요건을 계속 충족해야 합니다. 변경 사항이 발생하면 변경 신고 의무가 있으며, 요건 미충족 상태가 확인될 경우 인정이 취소될 수 있습니다.

Q. 인증 취득에 보통 얼마나 걸리나요?

서류 접수 후 현장 실태조사, 심사 완료까지 통상 3~6주 내외가 소요됩니다. 다만 보완 요청이 발생하거나 심사 일정에 따라 기간이 달라질 수 있으므로, 정부 과제 신청 일정과 맞물려 있다면 여유 있게 준비하는 것이 좋습니다.

기업부설연구소 인증을 준비 중이거나 반려 통보를 받으신 경우, 바움행정사사무소에 문의하시면 현황 검토부터 재신청 전략 수립까지 함께 도와드립니다.

※ 본 사례는 일반적인 정보 제공을 위한 것으로, 개별 사안의 결과를 보장하지 않습니다.

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